Методологически изследването съчетава подходи, заимствани от интелектуалната история, историята на понятията и историята на историографията, задълбочено контекстуализиране на дебатите и използване на методи на сравнителната, транснационалната и „преплетената“ история.
Историографските спорове ще бъдат изследвани по отношение на формална структура, начин на аргументиране, логика, прилагани стратегически ходове и реторика, както и еволюцията им във времето. Ще реконструираме мотивите, намеренията, предпоставянията, имплицитните идеи и очаквани резултати, които движат споровете върху дадени исторически въпроси. За целта ще използваме методите на интелектуалната история и по-точно прагматично ориентираната Кеймбриджка „контекстуална“ школа, както и „историята на понятията“. За да разберем по-добре залозите на споровете ще обследваме съвременния социално-политически и културен контекст и фон на историографските войни.
Изследването на историографските битки, които се разгарят между съперничещи си национални и националистично настроени историци върху едни и същи събития, личности и процеси, често на базата на едни и същи извори, изисква използване на транснационални или релационни подходи като „преплетена история“, histoire croisée (буквално „пресечна история“) и „споделена история“. Уместността на тези подходи идва отчасти от споделения и преплетен в значителна степен характер на самата балканска „реалност“, който се дължи на трайни имперски (византийски, османски и комунистически) наследства. Но той също така произтича, парадоксално, и от самите националистическите историографии, които се опитват да отделят, да „разплетат“ части от споделено минало и ги направят притежание единствено на собствената нация. По този начин общото или споделено минало се „възкресява“ по противоречиви и често непримирими начини. При това историческите наративи се пресичат и преплитат както поради общия опит и общи препратки, така и поради факта, че историците следят внимателно аргументите, които съперниците им използват, и открито или не се конфронтират с тях в собствените си произведения, тоест пишат буквално в огледалото на своите опоненти.
Накрая и може би най-амбициозно, вместо да анализираме историографските битки като изолирани дискурсивни прояви, ще ги разположим в съответните Големи национални разкази. По този начин ще сравним и „пресечем“ самите Големи разкази на сблъскващите се историографии. Вниманието ни ще бъде насочено към имплицитните начини, по които споровете влияят върху изграждането на Големите национални разкази.